为确保两岸周末包机的顺利执行，浦东机场运营主体单位上海国际机场股份有限公司前期根据2个航站楼、3条跑道同时运行的情况，多次与各相关航空公司、联检单位协商，制定了详细的机场保障方案。特别是针对国航、南航从浦东机场第一次往返台北的特点，浦东机场运行指挥中心多次与对方联系，从机型、机桥位等细节问题进行沟通协商。机场方召开专题会议就两岸周末包机在空防安全保障过程中的注意事项以及一些可预见性问题进行了讨论，进一步细化了专项工作保障方案；同时进一步加强对全体员工的教育和培训，进一步提升全员服务保障意识和服务技能，以安全高效的工作质量和热情温馨的服务全力做好两岸周末包机的保障工作。浦东机场还为两岸周末包机设置了专用值机柜台，并将为两岸周末包机提供最便捷的停机位和行李转盘。